Je nach klinischer Fragestellung werden unterschiedliche Stufen der diagnostischen Tiefe (Qualitätsstufen A-C); siehe "S1-Leitlinie: Molekulargenetische Diagnostik mit Hochdurchsatz-Verfahren der Keimbahn, beispielsweise mit Next-Generation Sequencing" und "Guidelines for diagnostic next-generation sequencing" (Matthijs et al., Eur J Hum Genet. 2016 Jan;24(1):2-5) angewendet:
Typ A Diagnostik
Diese stellt den höchsten mittels NGS erreichbaren Qualitätsstandard dar. Es wird eine >99,9 % Detektionsgenauigkeit und 100%-ige Abdeckung (mindestens 20-fach) der kodierenden und flankierenden intronischen Bereiche (+/- 5 bp) garantiert. Zum gegenwärtigen Zeitpunkt umfasst diese Kategorie im MGZ die Analyse von bekannten, hoch-penetranten Genen für klar umschriebene Krankheitsbilder (z.B. BRCA1, BRCA2, Muskeldystrophie Duchenne / Becker-Kiener ID 20 und Hereditäres Nicht-Polypöses Kolorektales Karzinom / Lynch-Syndrom ID 99). Komplettiert wird die Diagnostik mit einer Analyse auf genomische Deletionen und Duplikationen sowie ggf. weiteren Analysen (z. B. Homopolymer Analysen, spezifische Long-Range PCR).
Typ B Diagnostik
Analysen dieser Kategorie umfassen alle unsere Gen-Panels, die mit einer >99,9 % Detektionsgenauigkeit sequenziert werden. Unsere diagnostischen Kriterien erfordern zusätzlich, dass eine Sequenziertiefe von über 20 Sequenzen pro Base in mindestens 98% der untersuchten Bereiche gesichert ist. Die Information, welche Bereiche individuell unzureichend abgedeckt sind, wird in einer Tabelle dargestellt. Eine Komplettierung einzelner oder mehrerer Gene per Sanger Sequenzierung und gegebenenfalls eine zusätzliche Dosisanalyse ausgewählter Gene kann angefragt werden.
Typ C Diagnostik
Unter diese Qualitäts-Kategorie fallen Analysen wie z.B. das "Clinical Exome" ID 112 und das "Whole Exome Sequencing" ID 165. Unsere diagnostischen Kriterien erfordern hier, dass eine Sequenziertiefe von über 20 Sequenzen pro Base in mindestens 97% der untersuchten Bereiche gesichert ist. Die Information, welche Bereiche individuell unzureichend abgedeckt sind, kann angefordert werden.
„Core“-Gene in der humangenetischen Diagnostik
„Core“-Gene beziehen sich auf ein oder mehrere klinische Kernsymptome und umfassen alle erforderlichen Gene, die zwingend bei einer diagnostischen Abklärung vollständig und in hoher Qualität untersucht und beurteilt werden müssen. Siehe S1-Leitlinie: Alle „Core“-Gene sind mit sehr hoher Qualität (durchweg hohe Qualitätsparameter und in der Regel vollständige technische Abdeckung der Zielregion zu mindestens 99% (Matthijs et al., Eur J Hum Genet. 2016 Jan;24(1):2-5)) zu analysieren.