Neben Paneldiagnostik und Exomsequenzierung (whole exome sequencing, WES) bietet das MGZ auch die Sequenzierung des gesamten Genoms (whole genome sequencing, WGS) an. Mit einer Exomsequenzierung werden nur die 1 -2 % des Genoms erfasst, die für Proteine kodieren, während die Genomsequenzierung das gesamte Genom abdeckt.
Je nach Studie wird der Mehrwert einer Genomsequenzierung gegenüber einer Exomsequenzierung unterschiedlich beziffert. Die größte Herausforderung von WGS liegt derzeit noch in der Interpretation von Varianten in intronischen und regulatorischen Bereichen. Dies wird sich jedoch in den nächsten Jahren stetig verbessern, wenn mehr Daten von Genomsequenzierungen zu den unterschiedlichsten Phänotypen vorliegen. Die verschiedenen Studien, die den diagnostischen Zugewinn der Genomsequenzierung untersuchen haben z.T. eine sehr unterschiedliche Methodik. Gerade im Vergleich zur Exomsequenzierung ist der diagnostische Zugewinn noch nicht allzu groß. Siehe dazu auch die ACMG Practice guideline (PMID: 34211152). Analog zur Exomdiagnostik ist die Aufklärungsquote bei Trioanalysen am höchsten.
Eine Genomsequenzierung ist insbesondere bei folgenden Indikationen in Erwägung zu ziehen, wenn nach erfolgter (Trio-) Exomdiagnostik bisher keine Phänotyp-erklärende Ursache gefunden werden konnte:
- Kinder mit Entwicklungsstörungen
- Patienten mit komplexen Phänotypen und multiplen Fehlbildungen
- Patienten mit dem Phänotyp einer rezessiven Erkrankung, bei denen bisher nur eine heterozygote pathogene Variante nachgewiesen wurde
- Pathognomonischer Phänotyp ohne Nachweis einer ursächlichen Variante bei mono- bzw. oligogenen Krankheitsbildern (z.B. Neurofibromatose Typ 1)
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